Lebensräume für seltene Pflanzen und Tiere
Trotz Entwässerung, Torfabbau und Verbuschung sind Palsweiser Moos und Fußbergmoos ein reich gegliederter, strukturreicher Lebensraumkomplex, in dem verschiedene Lebensräume auf engem Raum existieren. Von besonderem Wert sind die Übergangsbereiche, also z. B. Waldränder, Wegraine, Grabensäume, die besondere Lebensraumansprüche befriedigen können.
Der überwiegende Teil der Biotope im Fußbergmoos und Palsweiser Moos sind durch Sukzession aus ehemaligen Torfstichen, teilweise nach zwischenzeitlicher Nutzung als Gartengrundstücke entstandene sekundäre Bruchwälder und sekundäre Birkenmoorwälder. Natürliche Birkenmoorwälder sind normalerweise am Rand von Mooren zu finden, sie haben dort eine wichtige Funktion zum Beispiel als Windschutz. Naturnahe Wälder sind wertvolle Lebensräume unter anderem für viele Vögel, Laufkäfer und andere Arten. Der nordische Kammfarn, eine Art die aus der Eiszeit in den Mooren überdauert hat, ist dort noch zu finden. Die Waldbereiche bieten auch Lebensraum für Arten, die sowohl Wald als auch Offenland für ihren Lebenszyklus benötigen wie Grauspecht und Baumpieper. Letzterer nutzt hohe Bäume als Singwarte, brütet jedoch in Lichtungen innerhalb der Wälder.
Besonders wertvoll sind die Waldränder und soweit vorhanden größere Übergangsbereiche zwischen Wald und Offenland. Hier ist Licht, aber bei Bedarf auch Schatten verfügbar, es gibt die Möglichkeit des schnellen Rückzugs in die Deckung des Waldes. Besonders anspruchsvolle Arten, die z. B. auf eine bestimmte Feuchtigkeit für Entwicklung ihrer Eier angewiesen sind, finden in dem Gefälle zwischen Offenland und Wald die passenden Standortverhältnisse. In intensiv genutzten Landschaften fehlen diese Übergangsbereiche meist. Im Palsweiser Moos und Fußbergmoos sind sie wegen des häufigen Wechsels zwischen Wald und Offenland häufig und in unterschiedlicher Ausprägung vorhanden. So sind die seltenen Schmetterlingsarten im Moos auf Offenland angewiesen, der Riedteufel benötigt aber auch schattige Bereiche. Weil er sich gern an Waldrändern aufhält, wird er auch „Blauäugiger Waldportier“ genannt.
Streuwiesen haben ihren Namen daher, dass sie früher nur einmal im Jahr zur Gewinnung von Einstreu für das Vieh gemäht wurden. Dafür wurden Wiesenflächen genutzt, die ohnehin kein hohes Ertragspotenzial hatten oder wegen der Feuchtigkeit schlecht zu bewirtschaften waren. Seit Umstellung der Viehhaltung auf Güllewirtschaft mit Spaltenböden und Verzicht auf Stroh wird kaum noch Einstreu gebraucht, der verbliebene Bedarf kann durch Stroh gedeckt werden. Durch die spätere Mahd und die Nährstoffarmut verfügen die meisten Streuwiesen über einen großen Artenreichtum und sie beherbergen Arten, die wegen des Rückgangs ihres Lebensraumes extrem selten geworden sind, wie zum Beispiel, der Riedteufel, der Baldrianscheckenfalter und der Mädesüß-Perlmuttfalter.
Pfeifengraswiesen entwickeln sich auf teilentwässerten Streuwiesen. Sie gehören pflanzensoziologisch den Grünlandgesellschaften an und beherbergen im Palsweiser Moos eine Vielzahl sehr seltener Pflanzenarten wie z.B. den Duftlauch, die Prachtnelke oder das Preußische Laserkraut. Als wichtige Grasart ist in der Regel das Pfeifengras beteiligt, das die Futterpflanze des Riedteufels bildet. Von der Kreuzotter werden die Pfeifengrasbulte in Ermangelung von Kleinsträuchern als Deckung genutzt. Auch die im Moos vorzufindenden seltenen Heuschreckenarten ernähren sich neben anderen Gräsern von Pfeifengras. Auch die Pfeifengraswiesen werden einmal im Jahr im Herbst gemäht, manchmal reicht auch ein 2-jähriger Schnitt.
Gräser sind die überwiegenden Pflanzenarten in regelmäßig gemähten Wiesen. Durch unterirdische Speicherorgane und hohes Nährstoffaneignungsvermögen sind sie besonders an häufige Nutzung (zum Beispiel durch weidende Tiere oder Mahd) angepasst. Bei häufiger Mahd und intensiver Düngung steigt der Anteil der Gräser und umso geringer wird der Artenreichtum. Bei fehlender oder geringer Düngung und nur zweimaligem Schnitt steigt der Anteil der Kräuter, die gleichzeitig Nahrungspflanzen für Insekten und andere Tiere sein können, und der Artenreichtum auf der Fläche nimmt zu. Es entstehen arten- und blütenreiche Nass- und Glatthaferwiesen. Diese werden zur Nahrungssuche auch von Arten aufgesucht, die zur Fortpflanzung auf Streuwiesen oder Brachebereiche angewiesen sind.
Auch wenn die Bäche im Moos künstlich angelegte Entwässerungsgräben sind, haben sie vereinzelt einen hohen ökologischen Wert. Die Abstufung verschieden feuchter Randbereiche ermöglicht es anspruchsvollen Arten auch hier ihren jeweils optimalen Lebensbereich zu finden. Die Bäche selbst sind Lebensraum zum Beispiel für die Larven von Libellen und bei angepasster Mahd (zweimaliger Mahd oder einmaliger Mahd im Herbst) können die Grabenränder wichtige Biotop-Verbindungsstrukturen zwischen den Offenlandbereichen sein. Durch die Tätigkeit des Bibers wird vereinzelt der Abfluss reduziert und es entstehen neue Lebensräume, z. B. Laichgewässer für Frösche und andere Amphibien, die z.B. als Beutetiere für kleine Kreuzottern wichtig sind.