Streuwiesen und Pfeifengraswiesen werden regelmäßig im Herbst gemäht. Bereits verbrachte Streuwiesen werden entbuscht. Hierzu werden Fördermittel aus dem Bayerischen Landschaftspflegeprogramm genutzt.
Bestehende oder entwickelbare Biotopflächen werden soweit möglich angekauft. Wenn ein Ankauf nicht möglich ist, wird versucht eine Vereinbarung zur Pflege der Fläche zu treffen (Pflegeerlaubnis oder Pacht).
Durch Fachgutachten, insbesondere Kartierung der vorkommenden Arten, werden wichtige Grundlagen für die Pflege und Entwicklung der Biotopflächen bereitgestellt.
Wo möglich werden bisher intensiv genutzte Wiesen durch Extensivierung (spätere und seltenere Mahd, weniger oder keine Düngung) zu arten- und blütenreichen Wiesen entwickelt. Hierzu werden Landwirte zu den dafür verfügbaren staatlichen Förderprogrammen beraten.
Zusätzlich wird versucht öffentliche Flächen durch Anpassung der Pflege oder Nutzung aufzuwerten.
Im Rahmen der Öffentlichkeitsarbeit wurden Flyer erstellt, Führungen organisiert und diese Homepage gestaltet. Dazu wird auch immer wieder in der Presse informiert.
Im Rahmen des laufenden Projektes konnten mehrere Grundstücke und Grundstücksanteile mit insgesamt 13 ha Fläche als Naturschutzflächen angekauft werden. Mit Pacht und Pflegeflächen sind 18 ha zusätzlich für den Naturschutz gesichert worden. 2013 bis 2016 konnten bereits im Palsweiser Moos 9 ha erworben werden.
Im Projektgebiet (750 ha) sind damit (Stand August 2020) 68 ha für den Naturschutz gesichert, davon 35 ha als Eigentumsflächen.
Auf ca. 15,5 ha pflegt der LBV Flächen im Kerngebiet des Fußbergmooses durch Beweidung und Mahd (überwiegend Herbstmahd). Im Palsweiser Moos werden von BUND Naturschutz und Landschaftspflegeverband insgesamt 4 ha gepflegt, auch hier handelt es sich überwiegend um Streuwiesen, die im Herbst gemäht werden. In geeigneten Bereichen werden durch Entbuschungsarbeiten die Offenlandflächen immer wieder vergrößert, um für die überwiegend auf Offenland angewiesenen Zielarten zusätzliche Lebensräume zu entwickeln.
6,5 ha werden im Auftrag des BUND Naturschutz als artenreiche Mähwiesen bewirtschaftet. Diese Flächen sind überwiegend im Vertragsnaturschutzprogramm angemeldet.
Bei den regelmäßigen Kartierungen der Pflegeflächen werden immer wieder Arten entdeckt oder wieder entdeckt, die bisher im Gebiet nicht nachgewiesen waren oder als ausgestorben galten, wie der Kamm-Wurmfarn, von dem weitere Exemplare im Fußbergmoos entdeckt wurden, eine weiteres Exemplar der Strauchbirke und Preußisches Laserkraut. Genaue Kenntnis der Artenzusammensetzung ist Grundlage für eine Landschaftspflege die optimal an die Bedürfnisse seltener Arten angepasst ist.
Gerade bei der Planung von Rodungsarbeiten stellt sich immer wieder die Frage, ob es nicht sinnvoller sein kann, die in ca. 60 Jahren ohne menschliche Eingriffe entstandenen Feuchtwälder ihrer natürlichen Weiterentwicklung zu überlassen. Hierfür gibt es sicherlich gute Gründe. Auch die heutigen sekundären Moorbirkenwälder sind artenreiche Lebensräume. Dabei darf aber nicht vergessen werden, dass diese Wälder ihre Entstehung einer massiven Veränderung des Standortes durch den Menschen verdanken: der Absenkung des Wasserspiegels zunächst für den Torfabbau, langfristig auch um die Flächen land- und forstwirtschaftlich nutzen zu können. Im Urzustand bestand das Moor, so lässt es sich noch aus den Torfresten ablesen, aus Großseggen und Schilfbeständen, in die flächenhaft Schwarzerlenbruchwälder eingemischt waren.
Aus dieser Zeit haben sind auf Lichtungen noch viele seltene Arten aus der Eiszeit halten können, wie zum Beispiel der Randring-Perlmuttfalter, das preußische Laserkraut oder die Strauchbirke, die sonst nur am Alpenrand und dann in Skandinavien vorkommt. Diese Arten würden mit weiter zunehmender Verbuschung ganz verschwinden.
Im Sinne des Natur- und Klimaschutzes wäre es sicher wünschenswert, die ursprünglichen Wasserverhältnisse wiederherzustellen. Damit könnten auch aufwändige Pflegemaßnahmen eingespart werden. Das ist aber in vielen Bereichen, wo z. B. landwirtschaftliche Flächen unmittelbar angrenzen, nicht möglich. Deshalb müssen die Offenlandarten aus der Eiszeit weiterhin durch Landschaftspflegemaßnahmen erhalten werden. Ihr Vorkommen muss zudem durch weitere Extensivierung im Offenland gesichert werden.